VectorBuilder設計和評估shRNA的規(guī)則與RNAi consortium（TRC）使用的規(guī)則類似。對于每個RefSeq轉錄本，我們會搜索出所有的21 mers作為候選靶位點。以下因素會降低干擾效率/特異性或影響克隆，含有這些特點的序列將會被排除。主要因素包括：含有≥4個連續(xù)相同堿基，含有≥7個G或C，GC含量<25％或> 60％以及序列的5'端含有AA堿基。如果靶點內部含有莖環(huán)結構，或是3'末端的GC含量較高，或是該靶點是已知的miRNA核心序列或是會打靶到其他基因，則該靶點的分值就會較低。若靶位點存在于一個基因的多個轉錄本，則該靶點的分值就會較高。

所有的干擾分值均≥0，平均數(shù)約為5，標準差約為5，95%的分值均≤15。若一個shRNA的干擾分值是15，則表示具有很高干擾效率且易于克隆；若干擾分值為0，則表示干擾效果較差或難以克隆。

請注意干擾分值只是一個參考值。實際的干擾效果可能會與預測的分值有偏差，低分值的shRNA也可能產生較好的干擾效果。同時，靶向轉錄本的 3’ UTR也可以起到干擾作用。