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載體設(shè)計(jì)與克隆
重組病毒包裝
特色服務(wù)
CRO服務(wù)
CDMO服務(wù)
產(chǎn)品
COVID-19
冠狀病毒解決方案
進(jìn)一步了解 >> 我們的質(zhì)量體系通過ISO 9001認(rèn)證。這些產(chǎn)品是在我們先進(jìn)的設(shè)施中嚴(yán)格控制下生成的。

shRNA文庫構(gòu)建

云舟生物的高質(zhì)量定制RNAi敲低文庫可為大規(guī)模功能缺失篩選提供高效且經(jīng)濟(jì)的解決方案。shRNA文庫可以以E. coli菌株、DNA或者病毒的形式交付。我們定制的文庫都會(huì)進(jìn)行NGS測(cè)序驗(yàn)證以確定文庫的質(zhì)量。

亮點(diǎn)

  • 高多樣性： 我們的shRNA文庫擁有從數(shù)百至106的高度復(fù)雜度。
  • 高度靈活的載體設(shè)計(jì)： 我們可根據(jù)您的需求為您設(shè)計(jì)合適的文庫載體，使用不同的遞送系統(tǒng)、啟動(dòng)子、標(biāo)記基因、barcode等。
  • 高質(zhì)量病毒包裝： 我們可包裝多種病毒系統(tǒng)，周期短、性價(jià)比高。
  • 高覆蓋率、高均一性： 我們?cè)O(shè)計(jì)的載體變體其文庫可達(dá)>98%的覆蓋率。
服務(wù)詳情
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價(jià)格與周期

表 1. 文庫構(gòu)建服務(wù)價(jià)格與周期

服務(wù)簡述價(jià)格（CNY）周期
設(shè)計(jì)文庫構(gòu)建策略shRNA載體骨架設(shè)計(jì)、shRNA序列設(shè)計(jì)免費(fèi)1-4 天
文庫質(zhì)?？寺。ò╫ligo合成和NGS驗(yàn)證）見表 2。
文庫的病毒包裝點(diǎn)擊此處了解更多病毒包裝服務(wù)信息。文庫質(zhì)粒的病毒病毒包裝價(jià)格是常規(guī)單質(zhì)粒載體包裝的1.5倍。
功能篩選樣品的NGS測(cè)序分析包括細(xì)胞樣品基因組的NGS文庫制備、lllumina測(cè)序（> 500x覆蓋率）和數(shù)據(jù)分析。￥ 2,240/樣本3-5 周

表 2. 文庫復(fù)雜度與文庫載體克隆價(jià)格

文庫復(fù)雜度價(jià)格（CNY）周期
0 ~ 5x103￥ 16,100起5-8 周
5x103 ~ 104￥ 31,500起
104 ~ 5x104￥ 38,500起6-10 周
5x104 ~ 105￥ 52,500起
>105請(qǐng)咨詢
技術(shù)詳情

shRNA具有其特有的莖環(huán)結(jié)構(gòu)，在RNA干擾（RNAi）過程中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用，可精準(zhǔn)降解mRNA。shRNA轉(zhuǎn)錄形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)后，可識(shí)別并降解靶mRNA。shRNA文庫是大規(guī)模功能缺失篩選的強(qiáng)大工具。根據(jù)您的研究需求，云舟生物提供多種形式的shRNA文庫，包括E. coli菌株、質(zhì)粒DNA和包裝好的病毒載體。這些文庫都會(huì)進(jìn)行NGS測(cè)序驗(yàn)證以確定文庫的質(zhì)量。

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圖 1 云舟生物shRNA敲低慢病毒載體

圖 2. 慢病毒shRNA文庫介導(dǎo)的功能缺失篩選流程圖，摘自Acta Biochim Biophys Sin 44：103-112 (2012)

慢病毒shRNA文庫介導(dǎo)的基因篩選常規(guī)流程如圖2所示。首先，利用慢病毒shRNA文庫轉(zhuǎn)導(dǎo)靶細(xì)胞，并通過慢病毒載體上攜帶的篩選標(biāo)記（例如藥物選擇或熒光標(biāo)記）來篩選成功轉(zhuǎn)導(dǎo)的陽性細(xì)胞。將陽性細(xì)胞分為對(duì)照組和實(shí)驗(yàn)組，對(duì)實(shí)驗(yàn)組進(jìn)行壓力選擇（如藥物處理或重復(fù)傳代），篩選出具有目的表型的細(xì)胞?；蚬δ芎Y選策略通常有三種類型：1）活力篩選，篩選出shRNA富集或銳減的活細(xì)胞; 2）報(bào)告基因篩選，篩選出報(bào)告基因的表達(dá)強(qiáng)度與shRNA的富集有關(guān)的細(xì)胞（如靶向調(diào)節(jié)報(bào)道基因表達(dá)shRNA）；3）行為篩選，篩選出shRNA與細(xì)胞侵襲、遷移等基因相關(guān)的細(xì)胞。相對(duì)于對(duì)照組，實(shí)驗(yàn)組細(xì)胞篩選完成后，通過sanger測(cè)序或NGS測(cè)序鑒定出富集或銳減的shRNA。通過下游功能研究，進(jìn)一步分析富集或消減的shRNA可能靶向的候選基因。

實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
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圖3 shRNA均一性在人和小鼠精華基因小庫（針對(duì)PubMed Central上約2,000個(gè)最常被引用的基因）中的分布。shRNA讀長分布按NGS文庫大?。?,000萬reads）標(biāo)準(zhǔn)化，并以log2比例繪制。NGS測(cè)序深度為300x。

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客戶提供文庫質(zhì)粒
如果您需要使用您的文庫質(zhì)粒構(gòu)建文庫，請(qǐng)按照外來物品接收指南將質(zhì)粒寄送給我們。請(qǐng)嚴(yán)格按照我們的指南來進(jìn)行裝運(yùn)以免造成物品的任何延誤和損壞?？蛻籼峁┑乃胁牧暇杞?jīng)過QC檢測(cè)，每一份材料附加檢測(cè)費(fèi)用。請(qǐng)注意，客戶提供物品接收并通過QC之后生產(chǎn)才正式開始。對(duì)于使用客戶文庫質(zhì)粒構(gòu)建的文庫，我們無法保證文庫的多樣性和均一性。
點(diǎn)擊此處發(fā)送設(shè)計(jì)咨詢 >>
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暫無
常見問題解答
陣列篩選文庫篩選
如何將shRNA導(dǎo)入靶細(xì)胞？將不同的單個(gè)shRNA分別應(yīng)用于多孔板（例如96孔或384孔）生長的細(xì)胞數(shù)以千計(jì)不同的shRNA同時(shí)應(yīng)用于一個(gè)細(xì)胞群體
如何鑒定與特定表型相關(guān)的shRNA？應(yīng)用于單孔的shRNA序列是已知的；需要逐一仔細(xì)篩查表現(xiàn)出特定表型的細(xì)胞或孔從細(xì)胞集群中篩選出特定表型的細(xì)胞；需要通過測(cè)序鑒定出細(xì)胞中富集或銳減的shRNA序列
是否能檢測(cè)遺傳交互？不能或者有限制（只有單個(gè)或幾個(gè)shRNA添加到每個(gè)孔中）可以（細(xì)胞可能攜帶多個(gè)隨機(jī)整合的shRNA）
技術(shù)要求高低
人工試劑成本高低
特殊設(shè)備要求高（例如液體處理器，高通量成像儀等）低（傳統(tǒng)臺(tái)式設(shè)備即可）

我們?cè)O(shè)計(jì)和評(píng)估shRNA的規(guī)則與RNAi consortium（TRC）使用的規(guī)則類似。對(duì)于每個(gè)RefSeq轉(zhuǎn)錄本，我們會(huì)搜索出所有的21 mers作為候選靶位點(diǎn)。以下因素會(huì)降低干擾效率/特異性或影響克隆，含有這些特點(diǎn)的序列將會(huì)被排除。主要因素包括：含有≥4個(gè)連續(xù)相同堿基，含有≥7個(gè)G或C，GC含量<25％或> 60％以及序列的5'端含有AA堿基。如果靶點(diǎn)內(nèi)部含有莖環(huán)結(jié)構(gòu)，或是3'末端的GC含量較高，或是該靶點(diǎn)是已知的miRNA核心序列或是會(huì)打靶到其他基因，則該靶點(diǎn)的分值就會(huì)較低。若靶位點(diǎn)存在于一個(gè)基因的多個(gè)轉(zhuǎn)錄本，則該靶點(diǎn)的分值就會(huì)較高。

所有的干擾分值均≥0，平均數(shù)約為5，標(biāo)準(zhǔn)差約為5，95%的分值均≤15。若一個(gè)shRNA的干擾分值是15，則表示具有很高干擾效率且易于克?。蝗舾蓴_分值為0，則表示干擾效果較差或難以克隆。

請(qǐng)注意干擾分值只是一個(gè)參考值。實(shí)際的干擾效果可能會(huì)與預(yù)測(cè)的分值有偏差，低分值的shRNA也可能產(chǎn)生較好的干擾效果。同時(shí)，靶向轉(zhuǎn)錄本的 3’ UTR也可以起到干擾作用。

載體設(shè)計(jì)
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