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載體設(shè)計(jì)與克隆
重組病毒包裝
特色服務(wù)
CRO服務(wù)
CDMO服務(wù)
產(chǎn)品
COVID-19
冠狀病毒解決方案
進(jìn)一步了解 >> 我們的質(zhì)量體系通過ISO 9001認(rèn)證。這些產(chǎn)品是在我們先進(jìn)的設(shè)施中嚴(yán)格控制下生成的。

預(yù)設(shè)計(jì)的shRNA文庫

云舟生物提供高質(zhì)量的針對人和小鼠基因的shRNA慢病毒文庫產(chǎn)品（shRNA lentivirus library）。對于每個物種，我們提供了兩種規(guī)格的慢病毒shRNA文庫產(chǎn)品：全基因組大庫（針對約19,000個RefSeq基因）和精華基因小庫（針對PubMed Central上約2,000個最常被引用的基因），每個基因?qū)?yīng)5-6個不同的shRNA。我們的shRNA文庫已通過了NGS測序和功能驗(yàn)證。

訂購信息
產(chǎn)品名稱基因數(shù)量（個）shRNA數(shù)量（條）規(guī)格*貨號價格（CNY）
人類精華基因shRNA文庫2,16112,471標(biāo)準(zhǔn)規(guī)格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)		LVM(Lib190505-1037bjk)￥13,980
小鼠精華基因shRNA文庫2,23312,472標(biāo)準(zhǔn)規(guī)格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)		LVM(Lib190505-1039sgb)￥13,980
人類全基因組shRNA文庫20,593105,233標(biāo)準(zhǔn)規(guī)格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)		LVM(Lib230926-1079mym)￥13,980
大規(guī)格
(>1.0x108 TU/ml, 5 ml)		LV5M(Lib230926-1079mym)￥17,480
小鼠全基因組shRNA文庫22,023105,170標(biāo)準(zhǔn)規(guī)格
(>1.0x108 TU/ml, 1 ml)		LVM(Lib230926-1080rpt)￥13,980
大規(guī)格
(>1.0x108 TU/ml, 5 ml)		LV5M(Lib230926-1080rpt)￥17,480
* 對于精華基因文庫，標(biāo)準(zhǔn)規(guī)格包裝的慢病毒可以滿足>40次篩選的要求，且達(dá)到100x的覆蓋率。對于全基因組文庫，標(biāo)準(zhǔn)規(guī)格包裝的慢病毒可以滿足>5次篩選的要求，且達(dá)到100x的覆蓋率；大規(guī)格包裝的慢病毒可以滿足>25次篩選的要求，且達(dá)到100x的覆蓋率。

功能篩選樣品的下游服務(wù)

功能篩選后，不知道如何對樣品進(jìn)行NGS數(shù)據(jù)分析？您可以直接將基因組DNA樣品寄送給我們，我們將為您制備NGS樣品、高通量測序和數(shù)據(jù)分析，并在短短幾周內(nèi)告知您樣品的gRNA/shRNA的分布情況。
技術(shù)詳情

靶向性廣和序列多樣：針對人和小鼠，我們提供了兩種規(guī)格的慢病毒shRNA文庫產(chǎn)品：全基因組大庫（針對約19,000個RefSeq基因）和精華基因小庫（針對PubMed Central上約2,000個最常被引用的基因），每個基因?qū)?yīng)5-6個不同的shRNA。shRNA靶點(diǎn)的設(shè)計(jì)規(guī)則參考RNAi consortium (TRC)，篩選出來的shRNA都具有較高的干擾分值，使得干擾效果更可靠，篩選效果更明顯。

高度均一性： 通過NGS驗(yàn)證表明，精華庫覆蓋了100％的shRNA，全基因組庫覆蓋了97％的shRNA，每個shRNA出現(xiàn)的頻率較均一（見圖1）。

圖1 shRNA在不同質(zhì)粒DNA文庫的均一性。shRNA讀長分布按NGS文庫大小（1000萬reads）標(biāo)準(zhǔn)化，并以log2比例繪制。

體系成熟的慢病毒載體骨架和即用型高滴度慢病毒：shRNA文庫使用的骨架是第三代慢病毒載體系統(tǒng)，利用人U6啟動子介導(dǎo)shRNA的表達(dá)，這一系統(tǒng)能在多種細(xì)胞中高效穩(wěn)定地干擾靶基因，而且可以永久有效并均一地將shRNA導(dǎo)入細(xì)胞，所以是體外遺傳篩選的理想選擇。我們可以提供以上文庫的即用型慢病毒（>108 TU/ml），可為您節(jié)省病毒包裝和滴度測定時間。為了提高生物安全性，我們對第三代慢病毒載體系統(tǒng)進(jìn)行了優(yōu)化，使其不能進(jìn)行自我復(fù)制。
圖2 哺乳動物shRNA干擾慢病毒載體示意圖
含有雙報告基因以利于篩選或追蹤陽性細(xì)胞：構(gòu)建文庫使用的慢病毒載體骨架含有EGFP和嘌呤霉素抗性基因（Puro），可通過嘌呤霉素和綠色熒光示蹤篩選陽性細(xì)胞。
圖3 使用人類shRNA精華庫（MOI = 10）轉(zhuǎn)導(dǎo)293T細(xì)胞，利用嘌呤霉素篩選4天（1.5 μg/ml）之后，EGFP在293T細(xì)胞中的表達(dá)情況。放大倍數(shù)：200x。左：明場。右：GFP。

慢病毒shRNA文庫介導(dǎo)的基因篩選常規(guī)流程如下圖4所示。首先，利用慢病毒shRNA文庫轉(zhuǎn)導(dǎo)靶細(xì)胞，并通過慢病毒載體上攜帶的篩選標(biāo)記（例如藥物選擇或熒光標(biāo)記）來篩選成功轉(zhuǎn)導(dǎo)的陽性細(xì)胞。將陽性細(xì)胞分為對照組和實(shí)驗(yàn)組，對實(shí)驗(yàn)組進(jìn)行壓力選擇（如藥物處理或重復(fù)傳代），篩選出具有目的表型的細(xì)胞?；蚬δ芎Y選策略通常有三種類型：1）活力篩選，篩選出shRNA富集或銳減的活細(xì)胞; 2）報告基因篩選，篩選出報告基因的表達(dá)強(qiáng)度與shRNA的富集有關(guān)的細(xì)胞（如靶向調(diào)節(jié)報道基因表達(dá)shRNA）；3）行為篩選，篩選出shRNA與細(xì)胞侵襲、遷移等基因相關(guān)的細(xì)胞。相對于對照組，實(shí)驗(yàn)組細(xì)胞篩選完成后，通過sanger測序或NGS測序鑒定出富集或銳減的shRNA。通過下游功能研究，進(jìn)一步分析富集或消減的shRNA可能靶向的候選基因。

圖4 慢病毒shRNA文庫介導(dǎo)的功能缺失篩選流程圖，摘自Acta Biochim Biophys Sin 44：103-112 (2012)

常見問題解答
陣列篩選文庫篩選
如何將shRNA導(dǎo)入靶細(xì)胞？將不同的單個shRNA分別應(yīng)用于多孔板（例如96孔或384孔）生長的細(xì)胞數(shù)以千計(jì)不同的shRNA同時應(yīng)用于一個細(xì)胞群體
如何鑒定與特定表型相關(guān)的shRNA？應(yīng)用于單孔的shRNA序列是已知的；需要逐一仔細(xì)篩查表現(xiàn)出特定表型的細(xì)胞或孔從細(xì)胞集群中篩選出特定表型的細(xì)胞；需要通過測序鑒定出細(xì)胞中富集或銳減的shRNA序列
是否能檢測遺傳交互？不能或者有限制（只有單個或幾個shRNA添加到每個孔中）可以（細(xì)胞可能攜帶多個隨機(jī)整合的shRNA）
技術(shù)要求高低
人工試劑成本高低
特殊設(shè)備要求高（例如液體處理器，高通量成像儀等）低（傳統(tǒng)臺式設(shè)備即可）

我們設(shè)計(jì)和評估shRNA的規(guī)則與RNAi consortium（TRC）使用的規(guī)則類似。對于每個RefSeq轉(zhuǎn)錄本，我們會搜索出所有的21 mers作為候選靶位點(diǎn)。以下因素會降低干擾效率/特異性或影響克隆，含有這些特點(diǎn)的序列將會被排除。主要因素包括：含有≥4個連續(xù)相同堿基，含有≥7個G或C，GC含量<25％或> 60％以及序列的5'端含有AA堿基。如果靶點(diǎn)內(nèi)部含有莖環(huán)結(jié)構(gòu)，或是3'末端的GC含量較高，或是該靶點(diǎn)是已知的miRNA核心序列或是會打靶到其他基因，則該靶點(diǎn)的分值就會較低。若靶位點(diǎn)存在于一個基因的多個轉(zhuǎn)錄本，則該靶點(diǎn)的分值就會較高。

所有的干擾分值均≥0，平均數(shù)約為5，標(biāo)準(zhǔn)差約為5，95%的分值均≤15。若一個shRNA的干擾分值是15，則表示具有很高干擾效率且易于克?。蝗舾蓴_分值為0，則表示干擾效果較差或難以克隆。

請注意干擾分值只是一個參考值。實(shí)際的干擾效果可能會與預(yù)測的分值有偏差，低分值的shRNA也可能產(chǎn)生較好的干擾效果。同時，靶向轉(zhuǎn)錄本的 3’ UTR也可以起到干擾作用。

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