如何在VectorBuilder上設(shè)計(jì)載體?
您可以通過兩種途徑來獲得定制載體。其一,利用我們簡單直觀的VectorBuilder在線載體設(shè)計(jì)平臺(tái),自行設(shè)計(jì)載體。您只需點(diǎn)擊主頁菜單上的“設(shè)計(jì)我的載體”,根據(jù)提示一步步操作即可。通過點(diǎn)擊鼠標(biāo),幾分鐘內(nèi)您幾乎可以設(shè)計(jì)出任何您想要的載體(如常規(guī)載體,慢病毒載體、腺病毒載體,過表達(dá)、干擾載體等)。其二,若您無法設(shè)計(jì)出您所需要的載體,則可以點(diǎn)擊主頁菜單上的“發(fā)送設(shè)計(jì)咨詢”,將您的設(shè)計(jì)需求發(fā)送給我們,我們將為您免費(fèi)設(shè)計(jì)載體。詳細(xì)的設(shè)計(jì)流程請(qǐng)參考以下信息:
在VectorBuilder上自行設(shè)計(jì)載體
步驟1:
在VectorBuilder主頁上,點(diǎn)擊“設(shè)計(jì)我的載體”,進(jìn)入“選擇載體系統(tǒng)”頁面。在這個(gè)頁面上羅列了所有可供選擇的載體系統(tǒng),選擇您需要的載體類型后,點(diǎn)擊旁邊的“現(xiàn)在去設(shè)計(jì)”按鈕即可。例如,如果您要設(shè)計(jì)一個(gè)在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中表達(dá)目的基因的慢病毒載體,則點(diǎn)擊“哺乳動(dòng)物基因表達(dá)載體”—“慢病毒”—“現(xiàn)在去設(shè)計(jì)”。
詳細(xì)的載體系統(tǒng)技術(shù)信息可查看“載體系統(tǒng)指南”。
步驟2:
當(dāng)您選擇一個(gè)載體系統(tǒng)后,您將進(jìn)入到“載體設(shè)計(jì)頁面”。在這里,您將看到可選擇元件的載體圖譜。圖譜上標(biāo)記了兩種類型的元件,其中一部分是固定的載體骨架,一部分由您自由添加,例如基因表達(dá)的啟動(dòng)子、ORF或其他元件(如藥物篩選標(biāo)記或熒光報(bào)告基因),您按順序輸入添加即可。當(dāng)在載體上添加一個(gè)元件時(shí),您可以選擇VectorBuilder的元件數(shù)據(jù)庫,也可以自己輸入序列。當(dāng)添加ORF時(shí),您可以選擇插入蛋白標(biāo)簽或引入突變。以下是使用小提示:
如何從數(shù)據(jù)庫中選擇元件:我們含有兩種類型的元件數(shù)據(jù)庫。一類是羅列在網(wǎng)頁上的常用元件庫(例如常用的啟動(dòng)子CMV、EF1A、CAG等),另一類是基于基因的數(shù)據(jù)庫(例如ORF、shRNA和gRNA),您可以通過檢索基因名和物種來獲得您感興趣的基因元件。例如,當(dāng)您要設(shè)計(jì)一個(gè)表達(dá)人類BMP2基因的慢病毒載體時(shí),在“插入ORF”的步驟中點(diǎn)擊“選擇ORF數(shù)據(jù)庫”并搜索人類BMP2,搜索結(jié)果會(huì)列出這個(gè)基因所有的RedSeq轉(zhuǎn)錄本,其中有一個(gè)是VectorBuilder推薦的。您可以選擇任一轉(zhuǎn)錄本的ORF序列添加到您的載體中,也可以編輯后再添加(如插入表位標(biāo)簽或引入突變等)。
詳細(xì)的載體元件信息可查看“載體元件指南”。
如何使用ORF編輯功能:您可以在開放閱讀框內(nèi)插入表位標(biāo)簽或引入突變,也可以添加到載體之后再做修改。您只需要在載體圖譜上點(diǎn)擊已插入ORF,選擇下拉菜單中的“編輯ORF”,就可以打開序列編輯窗口并進(jìn)行修改操作。點(diǎn)擊序列下面的“添加標(biāo)簽”按鈕,您將看到一系列常用的標(biāo)簽。您可以將它們添加在開放閱讀框的N端或C端,您也可以輸入或刪除核苷酸直接編輯序列。當(dāng)您要編輯VectorBuilder數(shù)據(jù)庫中自帶的元件時(shí),所有的編輯歷史都會(huì)被記錄。在序列編輯窗口,您還可以使用其他便捷的功能,例如翻譯,查找開放閱讀框,查看反向互補(bǔ)鏈等。
如何將多個(gè)ORF置于同一個(gè)啟動(dòng)子下游:當(dāng)您設(shè)計(jì)一個(gè)基因表達(dá)載體時(shí),您最多可以在同一個(gè)啟動(dòng)子下游放置4個(gè)ORF作為多順反子表達(dá)框。您可以使用融合蛋白,也可以使用2A肽或IRES連接子。您可以通過點(diǎn)擊“載體設(shè)計(jì)頁面”左上角的“選擇插入基因的個(gè)數(shù)”來設(shè)置位于同一個(gè)啟動(dòng)子下游的ORF個(gè)數(shù)。
步驟3:
當(dāng)您完成載體設(shè)計(jì)后,點(diǎn)擊“完成設(shè)計(jì)”按鈕進(jìn)入“載體信息”頁面。在這里,您能看到完整的載體注釋圖譜和載體序列。您也可以將它加入到您的購物車中、保存到您的賬戶中或者將載體信息分享給您的同事。您還可以下載PDF格式的載體報(bào)告和導(dǎo)出GenBank格式的序列文件。
發(fā)送設(shè)計(jì)咨詢
您在使用VectorBuilder設(shè)計(jì)載體時(shí)可能會(huì)遇到一些問題(如您所需的載體骨架在VectorBuilder平臺(tái)上不適用),這時(shí)候您只需要在VectorBuilder的主頁上點(diǎn)擊“發(fā)送設(shè)計(jì)咨詢”,把您的需求發(fā)送給我們即可。我們的技術(shù)人員將為您免費(fèi)設(shè)計(jì),并將設(shè)計(jì)好的方案、價(jià)格和周期等所有您想要了解的信息一起發(fā)送給您。