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VectorBuilder載體是如何命名的?

大多數(shù)情況下,載體中使用的元件名稱(例如啟動(dòng)子和ORF)都是定義好的,而載體名稱則由各元件名稱組成,具體命名規(guī)則如下:

載體元件命名規(guī)則(如啟動(dòng)子、ORF和linker)
  • VectorBuilder常用元件庫的元件:使用元件的常用名字,如CMV, EGFP, Neo

  • VectorBuilder基因庫中檢索的ORF:ORF命名由基因名稱和其后面跟著的括號(hào)中的RefSeq accession組成(無RefSeq注釋的則使用Gene ID)。在基因名稱的前面加上小寫字母的,則表示種屬的縮寫。具體命名規(guī)則如下:

    • 人(human)、小鼠(mouse)、大鼠(rat)分別對(duì)應(yīng)縮寫字母“h”、“m”、“r”
    • 其他常見種屬則用兩個(gè)縮寫字母來表示,例如:貓(cat)、黑猩猩(chimpanzee)、狗(dog)分別對(duì)應(yīng)“ct”、“ch”、“dg”。
    • 罕見種屬則用學(xué)名的三個(gè)縮寫字母加下劃線來表示??s寫的首字母對(duì)應(yīng)屬名的首字母,其他兩個(gè)字母對(duì)應(yīng)種名的前兩個(gè)字母。例如:黑腹果蠅(Drosophila melanogaster)的縮寫是“dme_”。

    以NCBI RefSeq轉(zhuǎn)錄本庫的一個(gè)人類ORF命名為例:hRHO[NM_000539.3]
    以VectorBuilder ORF庫里的一個(gè)小鼠ORF命名為例:mRho[ORF032112]
    以NCBI RefSeq轉(zhuǎn)錄本庫的一個(gè)黑腹果蠅ORF命名為例:dme_w[NM_057439.2]
    以NCBI RefSeq轉(zhuǎn)錄本庫的一個(gè)E. coli ORF命名為例: eco_nhaA[944758]
  • 用戶提供序列的元件:序列命名后才能把該序列添加到載體上,用戶提供的名字將顯示在大括號(hào)里。若用戶添加的序列跟VectorBuilder數(shù)據(jù)庫里的某一個(gè)元件完全相同,則該序列的名字會(huì)自動(dòng)變成 VectorBuilder元件庫里的名字。

    以用戶提供的元件命名為例:{MyGene}

  • 用戶編輯后的VectorBuilder ORF庫元件:當(dāng)一個(gè)來自VectorBuilder數(shù)據(jù)庫的ORF被用戶引入突變之后,會(huì)在原來的ORF名字上打上*的標(biāo)記來表示引入了突變。用戶可以選擇繼續(xù)使用這個(gè)名字,或者對(duì)它重命名。如果選擇重命名,則名字將顯示在大括號(hào)里,表示此名字是由客戶命名的。請(qǐng)注意,用“添加標(biāo)簽”功能添加到開放閱讀框的蛋白標(biāo)簽不視為突變。

    以VectorBuilder數(shù)據(jù)庫里一個(gè)經(jīng)過用戶編輯的ORF為例:自動(dòng)生成名字是hRHO[NM_000539.3]* ,用戶重命名后變成{MyGene}

允許用戶重命名的規(guī)則

為了確保名稱的一致性,大多數(shù)情況下用戶不能改變自動(dòng)生成的元件名稱,但以下情況除外:

  • 由用戶提供序列的元件需要由用戶來命名,并打上大括號(hào)表示此元件是由用戶命名的。
  • 當(dāng)一個(gè)從VectorBuilder基因庫檢索出來的ORF被引入突變后, 該ORF名字上會(huì)被自動(dòng)打上*的標(biāo)記。用戶可以用這個(gè)名字命名,也可以對(duì)名字進(jìn)行修改。如果重命名,名字將顯示在大括號(hào)里,表示此名字是由用戶所命名的。
載體命名規(guī)則
  • 所有載體名稱都以字母“p”開頭;
  • “p”字母后面是載體骨架的縮寫,以下是常用骨架的例子:
    RP: Regular plasmid,常規(guī)質(zhì)粒載體
    LV: Lentivirus,慢病毒載體
    MMLV: MMLV retrovirus,MMLV逆轉(zhuǎn)錄病毒載體
    AV: Adenovirus,腺病毒載體
    AAV: Adeno-associated virus,腺相關(guān)病毒載體
    PB: PiggyBac transposon,PiggyBac轉(zhuǎn)座子
    Tol2: Tol2 transposon,Tol2轉(zhuǎn)座子
    ET, BAD or CS:各種細(xì)菌蛋白表達(dá)載體
    SC: Saccharomyces cerevisiae,釀酒酵母蛋白表達(dá)載體
    BV: Baculovirus,昆蟲桿狀病毒蛋白表達(dá)載體
  • 在載體骨架縮寫后的中括號(hào)里添加其生物學(xué)應(yīng)用的縮寫,以下是常用生物學(xué)應(yīng)用的例子: 
    Exp:基因過表達(dá)載體
    shRNA:干擾載體
    gRNA:CRISPR系統(tǒng)所需的gRNA表達(dá)載體
    En:增強(qiáng)子活性測(cè)試載體

載體命名示例

載體名稱:pLV[Exp]-Hygro-CMV>FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA

說明:

LV:載體骨架是慢病毒載體

Exp:生物學(xué)應(yīng)用是基因過表達(dá)

Hygro:抗性篩選標(biāo)記是潮霉素B

CMV:驅(qū)動(dòng)目的基因表達(dá)的啟動(dòng)子是CMV

FLAG/hRHO[NM_000539.3]*/10xHis:IRES:3xNLS/EGFP/HA:目的基因是含有多個(gè)ORF的多順反子。第一個(gè)ORF是hRHO[NM_000539.3],序列被用戶編輯過(用*表示),其N端有FLAG蛋白標(biāo)簽,C端有10xHis標(biāo)簽;后面接著的是IRES和第二個(gè)ORF,第二個(gè)ORF是 EGFP,其N端有3xNLS標(biāo)簽,C端有HA標(biāo)簽。

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